As dissertações de mestrado e teses de doutorado defendidas pela Faculdade de Ciências Farmacêuticas e pelo Instituto de Química da USP são armazenadas conjuntamente no 1º andar do prédio principal da Biblioteca. São identificáveis pela letra "T" antes do código de localização, e podem ser emprestadas.
Além do acervo físico, há o Portal de Teses da USP, com versões digitalizadas das obras. Acessível pelo endereço https://www.teses.usp.br