O empréstimo entre bibliotecas, ou EEB, é um serviço onde uma bibliotecas/ instituições/ empresas que possuem cadastro em outras podem solicitar o empréstimo de materiais bibliográficos entre si sob solicitação de um usuário autorizado. É um serviço muito útil para usuários que necessitem de materiais bibliográficos que estão em acervos longínquos.
Na Biblioteca do Conjunto das Químicas a solicitação é possível unicamente por seus usuários pós-graduandos, funcionários e docentes vinculados ao Instituto de Química ou Faculdade de Ciências Farmacêuticas da USP visando suprir lacunas de obras das ciências abrangidas pelo nosso acervo. A biblioteca também atende pedidos de EEB de bibliotecas que possuem cadastro no sistema de empréstimo.